在香港所有的出入境管制站，旅客和貨物均須受出入境和海關管制。香港國際機場是航空旅客和空運貨物的管制站。至於從海路來港的旅客和貨物，本港設有港澳客輪碼頭、中國客運碼頭、啓德郵輪碼頭、屯門客運碼頭、入境船隻東西兩面碇泊處和屯門入境船隻碇泊處辦理出入境手續。此外，葵青貨櫃碼頭及內河碼頭亦可辦理貨物清關手續。陸路方面則設有九個過境管制站，包括羅湖、紅磡、落馬洲支線、廣深港高速鐵路西九龍站、文錦渡、落馬洲、沙頭角、深圳灣和港珠澳大橋香港口岸。
入境事務處和香港海關透過管制措施，分別防止不受歡迎的人物和違禁貨物經香港國際機場進入香港特區。
在香港國際機場，香港海關是負責阻遏走私活動的主要執法機關。此外，海關作為前線執法機關，亦負責防止基於保安、公眾健康、保護環境及履行國際義務等理由而被禁物品的進出口。
入境事務處負責遏止非法移民經機場移居海外的活動，以履行香港特區的國際責任。
航空管制站的運作
本港有幾類旅客列為不受歡迎人物，包括可疑的旅客(訪港目的有可疑、可能逾期逗留、意圖非法居留和濫用過境安排的人士)、使用偽造旅行證件來港從事非法活動的人、毒販、偷運人口者和罪犯。
為防止上述不法份子入境，所有入境旅客均須在入境機場櫃枱接受檢查，入境事務處人員會把可疑個案作進一步訊問。被截獲的不合入境資格乘客會被拒入境，並盡快遣返來港前的口岸或原居地。
為協助出入境管制人員識別偽造旅行證件，每個出入境管制櫃枱設有紫外線燈，而在值日室則備有手提防偽膠膜檢查器。前線及行動支援單位亦設有先進的偽證偵查儀器，包括「視像光譜比對儀」，及載有200多個國家超過4,500種真確和偽造旅行證件樣本影像的「證件圖像資訊系統」，以核實被查驗證件的真偽。
情報的整理和分析，對打擊不法活動甚為重要。為此，入境事務處會定期為各人員舉辦訓練課程，使他們認識偽造證件的最新趨勢和慣用手法。此外，本港各領事館的人員亦不時應邀主持關於偵查偽證的講座。
我們亦借助資訊科技提高效率。所有管制站已廣泛使用證件光學閱讀機，閱讀可機讀的護照和香港身分證。機場管制站自2005年年底，提供e-道自動化自助出入境檢查系統給本港市民使用。自2008年5月開始，該服務更分階段擴展至合資格的經常訪港旅客、內地訪客及澳門永久性居民。新的「出入境管制系統」於2016年開始分階段推出，以提升管制站的運作效率；新系統包括將現有e-道提升為多功能e-道，及新增超過150條多功能e-道，使e-道服務可因應旅客流量靈活調配。
香港警隊在陸路邊界維持24小時巡邏，以堵截非法入境者。全長35公里的陸路邊界均設有邊界圍網，並附設一系列監察系統讓警方有效地執行陸路邊界的管制工作。
此外，管制土地用途亦有助警方在陸路邊界進行執法行動。邊界的毗鄰土地被劃為｢邊境禁區｣，以對人員進出和土地發展作出限制。藉著這個有效的緩衝區，有助警方打擊非法入境和走私犯罪活動。而事實證明這些管制措施十分有效。
隨著社會的發展及要求，政府已分三階段縮減陸地邊境禁區，由原來的約2,800公頃縮減至現時約400公頃。第一階段邊境禁區縮減於2012年2月實施，釋出的土地約740公頃，包括沙頭角及米埔部分地方。第二階段邊境禁區縮減於2013年6月實施，在落馬洲一帶釋出土地約710公頃。而最後的第三階段邊境禁區縮減亦已於2016年1月實施，在打鼓嶺一帶釋出約930公頃土地。
陸路管制站的運作
九個陸路管制站中，羅湖、紅磡、落馬洲支線和高鐵西九龍負責乘搭鐵路的乘客的出入境檢查；文錦渡、落馬洲、沙頭角、深圳灣和港珠澳大橋五個管制站，則負責檢查出入境的車輛和旅客。
九個管制站（以出入境兩個方向合計）共有489個旅客出入境檢查櫃枱及566條旅客e-道（包括開設在羅湖管制站的6條學童e–道及30條快捷e-道及開設在落馬洲支線管制站的6條學童e–道）和152個車輛檢查亭（其中88個檢查亭配備車輛e-道）。另外，各管制站亦為合資格的內地訪客，經常訪港旅客及澳門永久性居民提供e-道過關服務。落馬洲支線管制站及深圳灣管制站更增設具語音輔助功能的e-道供視障人士使用。
每個櫃枱和出入境檢查亭均裝有電腦和證件光學閱讀機，全部接駁至一個中型中央集線器，並透過一個全港網絡與其他管制站和總部連接。可機讀的旅遊證件和香港身分證經證件光學閱讀機掃描後，電腦便會把旅客過關的資料記錄下來。
除櫃枱裝有先進設備外，管制站內作支援的辦公室還備存一套手冊，詳列偽造旅行證件和簽證的各項破綻，供管制站人員參考。此外，所有管制站人員均經常有機會接受培訓及參與業務研討會，認識偽造證件的最新趨勢和手法。
海上水域由香港警務處水警總區負責巡邏，其主要任務是在海上打擊非法入境、走私和其他罪行。香港水警擁有一支現代化的船隊，包括巡邏警輪、快速小艇，行動平台躉船及警察後勤躉船。該總區的指揮及控制中心利用一套結合了雷達、日夜攝像鏡頭，以及熱能探測器的先進系統監察海面情況和指揮船隊運作。水警致力堵截非法入境者流入，以及採取跨部門合作模式打擊海上跨境走私活動。偵破的走私案件會交由香港海關跟進。
海路管制站和碇泊處的運作
海路旅客抵港時會在中國客運碼頭、港澳客輪碼頭、啓德郵輪碼頭、屯門客運碼頭接受入境及海關檢查。他們辦理的出入境檢查和清關手續，與經由陸路和機場管制站出入境的旅客並無分別。此外，四個管制站亦為合資格的內地訪客、經常訪港旅客及澳門永久性居民提供e-道過關服務。港澳客輪碼頭管制站更增設有具語音輔助功能的e-道供視障人士使用。
至於其他出入香港的貨輪，除非另有指示或獲得豁免，都須在入境船隻碇泊處辦理出入境檢查手續。本港目前有三個入境船隻碇泊處，即入境船隻東西兩面碇泊處和屯門入境船隻碇泊處，其中入境船隻西面碇泊處及屯門入境船隻碇泊處均全日提供服務。
辦妥出入境檢查手續後，抵港貨輪會駛到公眾貨物裝卸區起卸貨物。海關會在碇泊處或貨物裝卸區進行清關工作。
根據入境事務處的預辦入境檢查（預檢）計劃，事先獲批准的遠洋船隻及內地內河及沿海貨船可直接駛往葵青貨櫃碼頭、內河碼頭或中流碇泊處進行裝卸貨櫃。海關會對進出口的貨物進行清關工作。